امام خمینی که خود زمانه‌ی کسروی را درک کرده، در مورد او قضاوت منصفانه‌ای دارد:
«… یک دفعه آدم می‌بیند که کسروی آمد و #کتابسوزی [کرد]. مفاتیح‌الجنان هم جزو کتاب‌هایی بود که سوزاند. کتاب‌های عرفانی را هم سوزاند. البته کسروی نویسنده‌ی زبردستی بود، ولی آخری دیوانه شده بود یا یک مغزی است که این مغز ـ بسیاری از شرقی‌ها این طوری هستند که تا یک چیزی، چهار تا کلمه‌ای یاد می‌گیرند، ادعایشان خیلی بالا می‌شود. کسروی آخری ادعای پیغمبری می‌کرد. نمی‌توانست به آن بالا برسد، آن‌جا را می‌آورد پایین.»
(صحیفه‌ی امام ، جلد 13، 1378، ص 32)